В Москве между тем готовились к войне. Уже летом 1653 года дворянство было созвано на государеву службу, и царь лично делал смотр полкам. 23 октября в Успенском соборе прочитано было объявление о войне с Польшей. В самом начале 1654 года началось движение войск к литовской границе. 23 апреля был во дворце торжественный отпуск князя Трубецкого, назначенного главным воеводой. После богослужения и пира царь Алексей Михайлович сказал Трубецкому напутственное слово — милостивый и грозный приказ и, взяв обеими руками, прижал к своей груди и поцеловал седую голову воеводы. Старый воин расплакался и начал кланяться царю в землю. Скоро стало известно, что государь сам идет с войском, чтобы «радость и нужду всяку принимать вместе». Великое одушевление господствовало в полках: шли защищать от врага русскую кровь и православную веру, последнему воину были известны обиды, терпимые в Польше русскими людьми. Патриарх и духовенство кропили выступавшие полки святой водой. Многие воины плакали, глядя на государя и слушая его слова.
В конце мая царские полки перешли литовскую границу и вступили в пределы Белоруссии. Русское население этого края хотя и не примкнуло прямо к движению в Малороссии, но сильно волновалось, следя за ходом войны. Теперь при появлении московских войск белорусские города один за другим стали сдаваться без бою на царское имя. «Мужики очень нам враждебны, — писали перепуганные поляки, — надо опасаться чего-нибудь вроде казацкой войны». С юга в Белоруссию вторглись казачьи отряды Хмельницкого. Князь Трубецкой наголову разбил около Борисова польское войско; одних полковников взято было в плен 12.
23 сентября после трехмесячной осады сдался Смоленск. Литовские воеводы, выходя из города, слагали свои знамена к ногам Алексея Михайловича. К зиме вся Белоруссия занята была крепко царскими войсками. Летом 1655 года война возобновилась. Царские войска повели наступление на самую Литву. В августе взята была столица Литвы — Вильно, и Алексей Михайлович к титулу царя и самодержца Великой, Малой и Белой России присоединил титул великого князя Литовского.
Богдан Хмельницкий, подкрепленный московскими полками, занял тем временем не только всю Украину, но и Галицкую Русь.
Такими блестящими успехами начата была война за великое народное дело.
Эти успехи взволновали весь православный люд, живший под властью турок. Опять пошли в Москву послы из Румынии, из подвластных Турции греческих и славянских земель, из далекой Грузии: все просили царя принять их в свое подданство, «чтобы совокупилось все христианство воедино», все просили царского войска себе на помощь, чтобы восстать против поработителей-мусульман. Страданья православных народов под тяжелым турецким игом глубоко огорчали и трогали царя. Всей душой стремился он освободить и их. Заветной его мечтою было — увидеть в Софийском соборе в Константинополе торжественное богослужение, совершенное Московским патриархом совместно с четырьмя патриархами православного Востока. Но дела складывались так, что он не мог рассылать свои войска на Кавказ и Турцию.
Присоединение Малороссии, Белоруссии и Литвы к Московскому царству испугало европейские державы, следившие ревниво, чтобы Москва не усилилась слишком на счет Польши. Первые вмешались шведы: они напали также на обессиленную Польшу, и шведский король Карл, взяв Варшаву, провозгласил себя королем польским. Многие польские и литовские вельможи присягнули ему. Карл обещал полякам вернуть все земли и города, отнятые русскими. Между русскими и шведами начались столкновения, перешедшие затем в открытую войну. В то же время к царю явились послы от австрийского императора: они убеждали Алексея Михайловича отказаться от дальнейших завоеваний в Литве, поставляя ему на вид, что поляки готовы теперь же, при жизни Яна-Казимира, избрать его наследником Польского королевства. Поляки, со своей стороны, убеждали царя в том же.
В Москве хорошо знали цену польским обещаниям: недаром, заключая с поляками какой-нибудь договор, приказывали послам зорко следить, чтобы король действительно поцеловал крест, а не блюдо около креста. Но на этот раз предстоящая тяжелая война со шведами и казавшиеся искренними уверения польских вельмож склонили царя Алексея Михайловича на приостановку дальнейших военных действий против Польши; паны съезжались на съезд и готовились, по-видимому, к избранию Алексея Михайловича в короли.
Война со шведами пошла не очень удачно. Несмотря на все старания царей Михаила и Алексея, русское войско все еще далеко уступало шведскому и в вооружении, и в военном искусстве. А тем временем поднялась смута в Малороссии.
Приняв Малороссию в свое подданство, Алексей Михайлович оставил ей ее старое привычное управление: население делилось на полки, казаки сами выбирали себе полковников, есаулов и всю «старшину» (начальство); во главе Малороссии стоял тоже выборный гетман. Но в населении Украины скоро обнаружился раскол. Управление выборной старшины вызывало горькие жалобы со стороны мещан, на которых казаки смотрели с презрением, как на людей невоенных, и нередко обижали и грабили, а казачья старшина не давала мещанину суда и управы против казака. Мещане роптали и слали царю челобитную за челобитной, чтобы он прислал в города для защиты и управления своих воевод. Сами казаки тоже не могли поладить между собой. Полковники и вся старшина привыкали понемногу смотреть на себя, как на панов, а на простых казаков — как на своих холопов. Пользуясь властью, они отписывали себе из войсковых земель большие имения, богатели, заводили крепостных. Простое казачество роптало, иногда поднимало бунты. Еще при жизни старика Богдана поддерживался кое-как порядок. Но в 1657 году Хмельницкий умер — и началась полная неурядица. Против нового гетмана Выговского начали восставать его же полковники. Для усмирения их гетман вызвал татар, и пошло междоусобие. Царский посол Кикин старался как-нибудь примирить казаков. Когда гетман хотел штурмовать непокорную ему Полтаву, Кикин заставил его поклясться, что он не позволит своим союзникам-татарам грабить христианский город. Полтава была взята. Начался повальный грабеж. «Где ж твоя клятва?» — спросил Кикин. Гетман устыдился и велел казакам отогнать татар от города.
Среди общей усобицы началась уже и прямая измена. Гетману и полковникам польские порядки нравились больше казачьих и московских: им самим хотелось быть панами, а нигде паны не имели такой воли и такого почета, как в Польше. Тот же Выговский заключил с поляками тайный договор и стал исподволь возбуждать казаков против Москвы. Нашлись такие, которые пошли за старшиной и передались опять Польше, забывая о клятве на Переяславской раде. Надеясь на то, что Москва занята шведской войной и малороссийской смутой, польский сейм и не подумал избирать на престол царя Алексея, а вместо того стал собирать против него войска.
Военное счастье изменило русским. В 1659 году изменник Выговский с татарами нанес московским воеводам поражение под Конотопом. Лучшие дворянские полки погибли в этой несчастной битве. Воевода князь Пожарский, взятый в плен, был обезглавлен татарами за то, что плюнул в лицо хану, хвалившемуся своей победой.
Польские и литовские войска, собравшись с силами за четыре года перемирия, тоже открыли военные действия. В 1661 году сам король с огромными силами осадил и взял Вильну. Воевода князь Мышецкий защищал город геройски, отбивая приступ за приступом и без пощады рубя голову всякому, кто заговаривал о сдаче. Наконец, когда всего гарнизону осталось 78 человек, измученных голодом, поляки ворвались в крепость. Воевода бросился в пороховой погреб, чтобы взорвать всю крепость на воздух, но не успел и был схвачен.
Приведенный к королю, он не захотел поклониться. Его спрашивали: какой милости хочет он от короля? «Никакого милосердия от короля не требую, а желаю себе смерти», — ответил князь. Поляки, вопреки всем военным обычаям, казнили храброго воеводу.
Со шведами мир заключен был в 1661 году, но война в Литве и в Малороссии затянулась еще на 6 лет. Неурядица в Малороссии все росла. Всякие выборы гетмана сопровождались жестоким побоищем на раде. Партия, поставившая своего гетмана, тут же начинала грабить и казнить будто бы за какую-то измену неугодных ей казаков. Доносы на всякого избранного гетмана так и сыпались в Москву. Не знали, кому верить. «Где и под страхом живут — и там без плута не бывает, а у нас в малороссийских городах вольность: если бы государевой милости ко мне не было, то у них бы на всякий год было по десяти гетманов», — жаловался один гетман. Старшина жаловалась на своевольство простых людей, а те жаловались на корыстолюбие старшины. В Малороссии все больше привыкали полагаться на государеву милость: сами гетманы выпрашивали себе московских солдат для охраны, выпрашивали войска для обуздания своих ослушников, были рады, когда получали боярский чин...
Среди неурядицы, раздоров и измены в среде старшины огромная масса простого казачества и мещанства хранила верность добровольно избранному православному царю. Особенно старики, помнившие польские порядки, боялись восстановления их и благословляли царя, который поборов не требует, а, начав войну, сам и своего здоровья за них не жалеет.
После несчастной битвы под Конотопом польский полководец Потоцкий доносил королю: «Не изволь ожидать для себя ничего доброго от здешнего края. Все жители здешние скоро опять будут Московскими: они того хотят и только ждут случая, чтобы достигнуть желаемого».
Война затягивалась, поражения и победы сменяли друг друга, силы России и Польши истощались, а несчастная Малороссия, раздираемая двадцатилетней смутой, превращалась почти в пустыню. Наконец начались переговоры о мире. Польские послы упрямились и требовали, чтобы им были отданы целиком белорусские и малорусские земли, бывшие за ними до 1654 года. Русские предлагали вернуть полякам западную половину Малороссии (по Днепр), сохранив за собой восточную. Главный русский посол боярин Ордин-Нащокин советовал даже царю вовсе отказаться от Малороссии и в союзе с поляками напасть на Швецию. Но для доброго и набожного Алексея Михайловича защита провославной Малороссии была дороже, чем выгодные завоевания от шведов. Даже половину Малороссии уступал он с болью, от крайней нужды, отдать же всю целиком под иго иноверцев он считал непростительным грехом: «Какое оправдание примем мы, если допустим это?» — писал он Нащокину.
Поляки пошли на уступки. В селе Андрусове осенью 1667 года заключено было перемирие. За Россией остались Смоленская и Черниговско-Северская области. Границей русских и польских владений на Украине указан был Днепр. На правом берегу Днепра русские сохранили Киев с обязательством вернуть его Польше через два года. Таким образом, Алексей Михайлович не только возвратил России то, что было уступлено Польше после Смутного времени, но и сделал новое ценное земельное приобретение на юге: приобрел левобережную польскую Украину, называвшуюся с этого времени Гетманской Украиной (нынешние Полтавская и южная часть Черниговской губернии).
Гетманская Украина быстро оправилась от разорительной войны. Население ее с каждым годом становилось все гуще: сюда во множестве бежали с правого берега Днепра крестьяне и казаки, не желавшие подчиняться польским порядкам. Новые города вырастали один за другим. Черноземная земля давала богатые урожаи. Гетманская Украина бойко торговала хлебом и скотом, сбывая их в Польшу, в немецкие земли и в Москву. Быстро поднявшийся Нежин стал большим торговым городом: через него шла вся торговля Московских южных городов с Турцией; сюда свозились во множестве товары из Москвы, из Польши, из Константинополя, из Запорожья, с Дона. Так быстро заселилась и разбогатела эта благословенная Богом страна, освобожденная русским оружием от тяжелого иноверного ига.
Старому Киеву — матери русских городов — не пришлось больше быть под польской властью. Не прошло назначенных двух лет, как правобережная (польская) Украина восстала против Польши и поддалась турецкому султану. Огромное турецкое и татарское войско надвинулось на Польшу с юга. Лучшие польские крепости пали одна за другой. Польша не могла бороться и поспешила заключить с Турцией мир, которым уступила ей свою (западную) половину Украины. Теперь уже не было речи о том, чтобы отдавать Киев полякам: надо было защищать его от турок. Казаки западной стороны, сами призвавшие турок, теперь опять волновались и роптали, видя, как татары грабили что попало под руку, мостили улицы иконами и продавали в рабство казачьих жен и детей. В марте 1674 года в Переяславле съехались на раду полковники всех малороссийских полков и восточной (московской), и западной (турецкой) сторон и избрали общего гетмана — Ивана Самойловича. Западные полковники снова присягнули на верность царю Алексею Михайловичу.
Царские войска вместе с казачьими заняли главный город западной Украины — Чигирин.
Едва успели московские ратные люди разойтись по домам после Андрусовского перемирия, как снова были созваны под знамена. Опять, как 20 лет назад, москвичи сбегались толпами смотреть на царские рати, выступавшие к Украине — на этот раз против «турских людей», с любопытством и гордостью смотрели на сильную артиллерию: никогда в Москве не видали таких больших и хороших пушек, так ловко прилаженной упряжи. Опытные люди говорили, что против таких пушек «турским людям» не устоять.
Среди военных приготовлений скончался Алексей Михайлович. Молодой царь Федор принял престол в тревожное время. Уже летом 1677 года загремела снова пальба по всей Украине: татары и турки осаждали Чигирин. Но русские пушки не обманули надежд: сильное турецкое войско бежало, бросая по дороге обоз, оружие, тысячи трупов.
Через год бесчисленные рати снова наводнили западную Украину. На этот раз Чигирин не устоял: его земляные стены были взорваны турецкими подкопами, и остатки русского войска оружием пробили себе дорогу и отступили, оставляя туркам дымящиеся развалины бывшего города. Но и турки, потерявшие под Чигирином третью часть своей стотысячной рати, не посмели двинуться ни к Киеву, ни на левый берег Днепра и завели переговоры о мире. О Западной Украине, занятой турецкими войсками, спорить не стоило. От тридцатилетней польской и турецкой войны она превратилась в пустыню. Города лежали в развалинах, население чуть не до последнего человека перебежало за Днепр, в московские владения, и степь на юге от царских украинских городов густо покрылась городками и поселками малороссов-переселенцев. С течением времени в этой части южной степи (в нынешних Харьковской и отчасти Курской и Воронежской губерниях) образовалась Слободская Украина, или Слободские украинские полки, взявшие на себя защиту Русской земли от крымских и иных татар.
В 1681 году мир с Турцией был заключен. Подолия и западная Украина остались за Турцией, в их безлюдных теперь степях стали кочевать татарские орды с их стадами. Киев и восточная Малороссия, а также и самый Днепр и его притоки с богатыми рыбными промыслами навсегда были закреплены за Россией. От Киева еще раньше (в 1678 году) Польша отказалась, получив взамен его в Белоруссии Себежский, Невельский и Велижский уезды.
Так кончилась долгая кровавая война за соединение в единое православное государство великого русского народа. Польша, обессиленная поражениями и потерей всей Украины, раздираемая вечно внутренней смутой, была больше не опасна. Зато новый грозный враг — страшная для всей Европы Турция — придвинулся к самым границам Московского государства.