После победы контрреволюции в Вене Венгрия сделалась главным очагом революции в Австрийской империи и во всей Центральной Европе. Вторжение австрийских войск на территорию Венгрии вызвало в венгерском народе подъем патриотизма. Власть перешла к Комитету защиты родины во главе с Кошутом. Герцог Эстергази, граф Сечени и некоторые другие представители венгерской землевладельческой аристократии бежали в Вену, изменив своей родине. Граф Циц и граф Зичи, изобличенные в связях с австрийским командованием, были казнены. Народные массы Венгрии поднялись на борьбу против австрийских войск. В оккупированных врагом областях создавались вооруженные отряды крестьян, которые оказывали серьезную помощь венгерской революционной армии. 29 сентября венгры одержали первую победу над австрийскими войсками, 7 октября — вторую.
Падение революционной Вены резко ухудшило военное положение Венгрии. 5 января 1849 г. австрийская армия вступила в Будапешт. Правительство и парламент революционной Венгрии перебрались в Дебрецен. 14 апреля 1849 г. Национальное собрание в Дебрецене провозгласило независимость Венгрии. Правителем Венгрии был избран Кошут. В ходе военных действий произошел перелом.
Венгерские революционные войска, среди которых имелись польские и словацкие добровольческие отряды, начали успешно теснить австрийцев. 19 апреля венгерские войска нанесли удар австрийской армии в битве при Надьшарло. 26 апреля была освобождена крепость Комаром. Венгерская армия приближалась к границе Австрии. 2 мая венгерские отряды заняли крепость Буду.
В этот момент по просьбе австрийского императора на помощь контрреволюции пришло правительство царской России. В мае 1849 г. 100-тысячная армия под начальством фельдмаршала князя Паскевича вступила в Венгрию, а другая русская армия численностью в 40 тыс. человек — в Трансильванию. Передовые круги русской общественности резко осуждали выступление царизма против революционной Венгрии. Чернышевский в своем дневнике 1849 г. называл себя «другом венгров» и выражал надежду на поражение царских войск, на то, что оно даст толчок восстанию против самодержавия и крепостничества в России. В среде офицеров и солдат армии Паскевича также были люди, сочувствовавшие освободительной борьбе венгерского народа. Были даже случаи перехода солдат на сторону венгров.
Прибытие царских войск радикально изменило соотношение борющихся сил. Царская армия в Венгрии насчитывала около 140 тыс. солдат, австрийская армия — 127 тыс. человек, им противостояли венгерские войска численностью около 170 тыс. человек. Решающие бои между венгерской армией и главными силами русских и австрийских войск произошли 7 и 11 июля у Комарома. Венгры были разбиты; после этого австрийцы снова заняли Будапешт.
Венгерское революционное правительство переехало в город Сегед. Военные неудачи усилили разногласия среди командиров венгерской армии, а также между главой правительства Кошутоми главнокомандующим Гергеем. Кошут подозревал Гергея и его сторонников-офицеров в изменнических замыслах, но не решался открыто разоблачить их перед войсками. Колебания Кошута ослабляли положение венгерского революционного правительства. 10 августа Гергей, который в это время уже вел тайные переговоры с командованием царских войск, добился передачи ему диктаторских полномочий. Убедившись в том, что дело проиграно, Кошут покинул Венгрию и уехал в Турцию.
13 августа 1849 г. венгерская армия, преданная Гергеем, которому царское правительство обещало помилование и награды, капитулировала при Вилагоше. Военные действия в Венгрии продолжались еще некоторое время. В конце сентября сдалась крепость Комаром и прекратили борьбу остальные очаги сопротивления.
Австрийское правительство жестоко расправилось с участниками венгерской революции. 6 октября 1849 г. были казнены 13 генералов венгерской революционной армии и первый премьер-министр Венгрии граф Баттиани. В общем было казнено несколько сот человек, более 10 тыс. человек заключены в тюрьмы.