Слабость шахского правительства позволила бабидам перейти от пропаганды своих идей к решительным действиям. В октябре 1848 г., вскоре после получения известия о смерти Мохаммед-шаха, около 700 бабидов во главе с муллой Мохаммедом-Али, вынужденные покинуть Барфоруш, заняли расположенную неподалеку от этого города гробницу Шейх-Таберси и прилегающую к ней местность. Гробница считалась святыней и по старинным обычаям рассматривалась как непририкосновенное убежище (бест). Здесь бабиды и решили обосноваться, с тем чтобы провести в жизнь свои общественные идеалы.
Окрестные ханы попытались было захватить Шейх-Таберси, но бабиды отбили, нападение. Вслед за тем бабиды соорудили у Шейх-Таберси земляную крацость с башнями и бойницами, окружили ее валом и рвом, наполненным водой, а внутри крепости построили дома для жилья. К тому времени, как к Шейх-Таберси подошли правительственные войска, посланные для подавления восстания, число бабидов, укрывшихся в крепости, возросло до 2 тыс. На помощь защитникам Шейх-Таберси шли люди из соседних и даже отдаленных городов и сел, стремившиеся принять участие в борьбе за установление бабидского «царства справедливости». Крестьяне привели с собой много скота, доставили продовольствие и фураж. Ремесленники занялись производством оружия и боевых припасов, изготовлением орудий труда, шитьем одежды. Главными руководителями борьбы стали Мохаммед-Али барфорушский и отважный Хосейн из Бушруйе.
Бабиды жили в Шейх-Таберси в соответствии с провозглашенными ими принципами. Все имущество они считали общим и пользовались им сообща. Продовольственные и другие запасы находились в общественных амбарах и распределялись специально выделенными для этого уполномоченными. Питались бабиды из общего, котла. «...Выделили повара для варки пищи, - писал об этом один из учеников Баба, - на каждых двух человек дали по миске, усаживались в круг и по-братски, в крайней степени радости и веселья наслаждались жизнью, не зная бедности и горя».
Шахское правительство, не полагаясь больше на местных ханов, которым бабиды нанесли еще одно серьезное поражение, направило в ноябре 1848 г. в Шейх-Таберси двухтысячный отряд регулярных войск.Шахская армия осадила крепость. Но в январе 1849 г. бабиды совершили смелую вылазку и разбили правительственные войска. Под влиянием этой победы бабидское движение развернулось в Зенджане (Иранский Азербайджан), а также в провинции Фарс. Пропаганда бабизма, усилилась и в Тегеране.
В правительственных кругах и среди провинциальных феодалов царила паника. Мирза Таги-хан признавал бабидов более опасными противниками, чем даже хорасанского хана Салара. Таги-хан в это время исчислял количество бабидов в Иране в 100 тыс. человек, а русский посол в Тегеране князь Долгорукий, устрашенный революцией 1848 г. в Европе, даже утверждал, что бабиды «насаждают коммунизм вооруженной силой».
Правительство направило в Мазандеран новые, еще более многочисленгые отряды войск с артиллерией. Но попытки взять Шейх-Таберси штурмом не удалось. Тогда бабидская крепость была подвергнута полной блокаде. Бабиды стали испытывать голод; обнаружилась нехватка оружия и пороха. Артиллерийским огнем были разрушены дома. Осажденные продолжали тем не менее бороться с изумительной храбростью. Редко у кого из них были ружья. Обычно они шли в атаку с самодельными саблями, копьями и кинжалами. Сомкнутым строем они бросались на врагов и сражались до последнего человека.
В одной вылазке был убит Хосейн. В боях и от голода погибло много людей. К весне число защитников крепости уменьшилось до 250, тогда как количество осаждавших их шахских войск достигло 10 тыс. Измученные голодом и лишениями бабиды вступили в переговоры. Командующий правительственными войсками торжественно поклялся отпустить всех бабидов прекративших борьбу. Но когда в первых числах мая 1849 г. уцелевшие бабиды вышли из крепости, всех их немедленно окружили и обезоружили. Рядовые бабиды были тут же истреблены, а руководители во главе с Мохаммедом-Али закованы в кандалы, доставлены в Барфоруш и там после зверских пыток публично казнены. Построенная бабидами крепость была сравнена с землей.
Так закончилось мазандеранское восстание бабидов, длившееся семь месяцев. Однако волнения в стране не прекратились. В начале 1850 г. произошло бурное хотя и кратковременное восстание бабидов в Йезде. Почти в то же самое время группа тегеранских бабидов подготовила покушение на шаха и Мирзу Таги-хана. Заговор был раскрыт, и семеро бабидов публично казнены на главной площади столицы.
Перед смертью они мужественно подтвердили свою верность учению Баба. В народе о них сохранилась память как о мучениках за справедливое дело.
Летом 1850 г. вспыхнули новые крупные восстания в мае - в городе Зенджане, в июне - в Нейризе (в провинции Фарс). Шахское правительство решило, что для устрашения бабидов нужно казнить Баба, что и было выполнено в июле 1850 г. Но восстания продолжались. В Зенджан шахские власти направили армию в 30 тыс. человек. Занятая бабидами часть города подверглась жестокой бомбардировке, но повстанцы не сдавались. Тогда их окружили, и началась длительная осада. Зенджанские бабиды проявили такую же отвагу, как и защитники Шейх-Таберси. В боях участвовали не только мужчины, но и женщины и даже дети. Командиром одного отряда была молодая девушка, принявшая имя легендарного иранского героя Рустама.
Зенджанское восстание было подавлено только в декабре 1850 г. Как и в Шейх-Таберси, сдавшиеся на милость победителя бабиды подверглись безжалостному истреблению.
Меньшим по размерам и менее организованным было Нейризское восстание. В отличие от предыдущих выступлений бабидов в нем участвовали главным образом крестьяне. Через месяц после начала восстания шахские войска овладели занятой бабидами крепостью и перебили ее защитников, но вскоре нейризские крестьяне снова восстали. На этот раз они сопротивлялись долго и упорно. Укрепившись в горах, повстанцы повели против шахских войск партизанскую войну и прекратили борьбу только после того, как иссякли боеприпасы. Над захваченными в плен бабидами учинили зверскую расправу: их сжигали, расстреливали; руководители восстания после мучительных истязаний были публично казнены.