К середине 1863 г. северное побережье Янцзы оказалось почти полностью под контролем правительственных войск. Отряды Цзэн Го-фаня, аньхойского помещика Ли Хун-чжана и других феодалов совместно с иностранными интервентами сжимали кольцо вокруг тайпинской столицы Нанкина. В январе 1864 г. враги тайпинов захватили с помощью предателей город Сучжоу; тогда же войска Ли Хун-чжана заняли Уси. Понимая невозможность удержать за собой приморские провинции Цзянсу и Чжэцзян, где иностранным интервентам было особенно удобно действовать, Ли Сю-чэн предлагал прорваться из района Нанкина в провинции Хубэй и Цзянси (среднее течение Янцзы), чтобы укрепиться там и продолжать борьбу. Однако глава тайпинского государства Хун Сю-цюань отверг этот план и, считая положение безвыходным, покончил жизнь самоубийством.
Героическую оборону Нанкина возглавил Ли Сю-чэн. Под его руководством тайпины осуществили удачную вылазку, отбив атаки войск противника. Но на стороне последних был огромный перевес. 19 июля 1864 г. правительственные войска ворвались в город и учинили над его населением жестокую расправу. Многие мирные жители Нанкина были убиты. Раненый тайпинский полководец Ли Сю-чэн был схвачен в окрестностях Нанкина, брошен в тюрьму и затем подвергнут мучительной казни. Перед казнью он написал свою биографию - выдающийся документ тайпинской эпохи.
Войска тайпинов, действовавшие в других районах, были также разгромлены. Спастись удалось только группировке тайпинских войск в районе Ханьчжуна (провинция Шэньси) под командованием Лай Вэнь-гуана и Чэнь Дэ-цая; в 1864 г. она объединилась с отрядами няньцзюней. Командование объединенной армией после гибели Чжан Ло-сина перешло к Лай Вэнь-гуану. Эта армия в 1865 г. дважды нанесла тяжелые поражения цинским войскам в Шаньдуне и Хубэе.
В октябре 1866 г. в Хэнане армия няньцзюней разделилась на две колонны: западную, направившуюся в Шэньси и Ганьсу, и восточную, действовавшую в районе Хэнань-Хубэй. Предполагалось, что восточная колонна, пройдя через Хубэй, Юньнань, Сычуань, соединится с западными няньцзюнями и создаст новое обширное повстанческое государство. В начале 1867 г. восточные няньцзюни одержали ряд крупных побед над цинскими войсками в Хубэе. Однако весной няньцзюни под натиском превосходящих правительственных войск отступили в Хэнань, а летом 1867 г. - в Шаньдун, где рассчитывали запастись провиантом и пополнить свои ряды. В октябре 1867 - январе 1868 г. огромной цинской армии с помощью американских, английских и французских инструкторов, иностранного оружия и флота удалось разгромить восточную колонну, которой командовал Лай Вэнь-гуан. Тогда же западная колонна прошла из Шэньси в провинцию Чжили и подступила к Пекину. Цинское правительство вынуждено было объявить столицу на осадном положении. Однако численно превосходящие силы цинских войск вскоре разгромили западную колонну армии няньцзюней.
В 1872 г. цинское правительство с большим трудом подавило восстание крестьян народности мяо в Гуйчжоу, продолжавшееся 18 лет.
Еще в 1855 г. в Юньнани вспыхнуло антиманьчжурское восстание народности хуэй (пантай), исповедовавшей ислам. В результате восстания было создано мусульманское государство с центром в городе Дали, которое возглавил Ду Вэнь-сю. Маньчжурскому правительству удалось подавить это восстание лишь в 1873 г.
Крупное восстание дунганского народа вспыхнуло в 1862 г. Оно было поддержано широкими массами дунган и охватило обширную территорию провинций Шэньси и Ганьсу. В середине 60-х годов центр восстания переместился в Синьцзян (Кашгария и Джунгария), где к повстанцам примкнули уйгуры и другие народности. Но руководство восстанием захватили местные феодалы и представители мусульманского духовенства, придав ему характер религиозной войны против китайцев. На юге Синьцзяна, в Кашгарии, с 1866 г. обосновался кокандский феодал Якуб-бек, создавший независимое государство, которое было признано Англией, Турцией и Россией. В Джунгарии правили дунганские феодалы. В конце 70-х годов маньчжурские войска вновь покорили Синьцзян.
Многочисленные народные восстания, происходившие в Китае одновременно с тайпинским движением, серьезно угрожали господству маньчжурских и китайских феодалов, но отсутствие единства действий между участниками этих восстаний и тайпинами ослабляло силы антиманьчжурского движения. Не всегда правильное отношение руководителей Тайпин тяньго к повстанцам, сражавшимся плечом к плечу с тайпинами, а также враждебность к китайцам руководителей национальных восстаний препятствовали объединению освободительных выступлений различных народностей Китая в единый могучий поток, который мог бы уничтожить власть маньчжурского правительства.
В итоге тайпины потерпели поражение. Народные массы Китая, несмотря на героическую борьбу, не смогли победить маньчжуро-китайских феодалов и иностранных интервентов. Маньчжурские и китайские помещики удержали в своих руках власть над китайским народом. Английские, французские и американские колонизаторы могли продолжать дальнейшее закабаление Китая.
При всем этом движение тайпинов сыграло огромную прогрессивную роль: оно потрясло основы феодального строя на обширной территории Китая, явилось важным историческим этапом антифеодальной и национально-освободительной борьбы китайского народа.