В 1866 г. неурожай и голод вызвали крупные городские восстания, рисовые бунты в таких важных центрах токугавского господства, как Эдо, Осака, и во многих других городах. Крестьянство и городская беднота выступали под антифеодальными и освободительными лозунгами. Вызывающее поведение иностанцев в японских портах, обстрелы городов иностранными военными судами только усиливали движение против иностранцев.
При всей разрозненности крестьянских восстаний, не достигших еще уровня общенационального движения, их непрерывность, нарастающая стойкость крестьян, антифеодальная направленность привели к тому, что правители страны и каждый даймё жили в постоянном страхе за свою судьбу. Необходимомсть социальных реформ становилась все более очевидной.
Многие лозунги крестьянских восстаний свидетельствовали о назревавшей крестьянской революции.
Движение ёнаоси получило значительное распространение. Позиции антисёгунской коалиции в течение 1866-1867 гг., несмотря на разногласия внутри нее, все больше усиливались, а позиции сёгуната ослабевали. 8 ноября 1867 г. под давлением настойчивых требований оппозиции сегун (в то время им был Кэйки) отказался от верховной власти в пользу незадолго до этого вступившего на престол 15-летнего императора Муцухито. который никакой роли в этих событиях не играл. Сегун рассчитывал таким путем сохранить свои феодальные владения и получить из рук императора поручение по-прежнему управлять страной. Расчеты сегуна не оправдались. В Киото после серьезной борьбы одержала верх политика полной ликвидации сёгуната.
3 января 1868 г. императорским декретом сегун был лишен власти и создано новое правительство, охрана которого, как и императорского дворца, поручалась самураям княжеств Сацума, Тёсю и др. Войска сегуна, двинутые на Киото, несмотря на свое численное превосходство, потерпели поражение, после чего Кэйки бежал в Эдо. Население Эдо встретило сегуна враждебно, и 4 мая 1868 г. он сдался императорским войскам.
В Эдо, переименованном вскоре в Токио («восточная столица»), обосновались императорский двор и новое правительство. Тем не менее борьба за восстановление власти сегуна продолжалась. На севере острова Хонсю, во владениях Токугава и фудай-даймё серьезные бои между войсками нового правительства и приверженцами сегуна длились до ноября 1868 г. Решающую помощь в разгроме сегуна оказали крестьянские восстания в северных княжествах; многие восстания проходили под лозунгом всеобщего равенства, уничтожения прав феодалов на землю.
Потерпевшие поражение на севере Хонсю приверженцы старого порядка отступили на Хоккайдо. Здесь, при участии флота сёгуната, ушедшего из Эдо, бои продолжались до июня 1869 г., когда сопротивление сторонников сёгуната, использовавших иностранную (французскую) помощь, было окончательно сломлено.
Классовой опорой новой государственной власти стали помещики и крупная буржуазия. Крупные феодалы (даймё), являвшиеся основной социальной опорой сёгуната, были вскоре отстранены от власти. Однако буржуазия не была допущена в государственный аппарат, хотя наиболее видные ее представители (Мицуи, Коноикэ, Ясуда и др.) поддерживали антисёгунское движение, финансировали его и были тесно связаны с новым правительством.
Вместе с тем дворянство не хотело терять свои привилегии. Ввиду этого преобразовательная деятельность правительства была чрезвычайно осторожной и имела двойственный характер. С одной стороны, расчищалась дорога капитализму, издавались законы о свободе внутренней и внешней торговли, уничтожении средневековых гильдий, свободе купли и продажи земли, свободном выборе сельскохозяйственных культур (для посевов), создании банков и акционерных обществ и т. д. С другой стороны, правительство стремилось всемерно оградить интересы дворянства. Незавершенный характер революции 1868 г. явился главной причиной сохранения феодальных пережитков в деревне и в городе, как в экономике, так и в политике.
Наиболее важные преобразования буржуазного характера были осуществлены уже позднее - в начале 70-х годов, после окончания гражданской войны. Однако эти преобразования оказались возможными лишь в результате событии 1867-1868 гг., которые явились переломным этапом в развитии Японии. Эти события известны в исторической литературе под названием «революции Мэйдзи», «реставрации Мэйдзи», по официальному наименованию годов царствования императора Муцухито. Основываясь на том, что тогда произошла реставрация императорской власти, реакционные японские историки характеризуют «Революцию Мейдзи» как «императорскую революцию». Некоторые японские историки, в том числе стоящие на прогрессивных позициях, отрицают буржуазно-революционный характер происшедших изменений и, признавая всю их важность, тем не менее считают, что они привели к установлению абсолютистского режима, а переход к буржуазно-капиталистическому строю совершился только в 80-х и в начале 90-х годов.
Среди советских историков преобладает мнение, что события 1867-1868 гг. в Японии следует рассматривать как незавершённую буржуазную революцию.