Мы видели, что период IX—XI династий был периодом серьёзнейших внутренних потрясений в истории Египта. Но и XII династия, ко времени которой относится расцвет Среднего царства, не смогла прочно объединить Египет.
После XII династии Манефон называет одну династию из Фив и одну династию из Ксоиса в западной части Дельты — XIII и XIV по счёту. Сильно повреждённый царский список, написанный в период Нового царства и хранящийся в Турине, перечислял после XII династии великое множество царских имён, из которых лишь часть найдена на памятниках того времени. Это и неудивительно: продолжительность царствований, когда она может быть установлена по обрывкам туринского списка, не превышает обыкновенно всего нескольких лет, а то даже месяцев или дней. Престол стал игрушкой в руках боровшихся сил, цари свергались один за другим. Некоторые цари прямо называли своих нецарственных родителей, другие и на престоле сохраняли имена, звучащие совсем не по-царски. Как провести грань между XIII и XIV династиями, следовали ли они одна за другой или XIV династия сосуществовала одновременно с XIII и последующими в каком-либо уголке Дельты — вопрос неясный.
Впрочем, кое-кто из. парей XIII династии оставил большие изваяния, обстоятельные надписи, даже следы строительной деятельности. Египетская государственность Среднего царства в том виде, как она сложилась к концу XII династии, прдолжала существовать и при XIII династии, несмотря на смуту. Такого распада страны, который последовал за Древним царством, теперь не повторилось. Более того, номархи не вернули себе даже того положения, какое они имели до Аменемхета III,— встретить гробницу номарха в духе XII династии можно при XIII династии разве как исключение. Раскопки в финикийском городе Библе доказали, что там XIII династия сохраняла своё влияние. Повидимому, до конца этой династии и Северная Эфиопия оставалась под египетской властью.
Смертельный удар ослабленному государству был нанесён извне. Под конец Среднего царства Египет был завоёван пришельцами с Востока, которых Манефон именовал гиксосами. Возможно, что за этим манефоновским названием завоевателей кроется самообозначение пришлых царей: «властители (чужеземных) нагорий». Племенной состав завоевателей мог быть пёстрым. В состав имён некоторых гиксосских царей входили семитские слова. Со временем гиксосские цари выступали уже в роли фараонов. Они приняли их титул, назывались «сынами Солнца» и объявляли себя почитателями египетских богов. Последнее, впрочем, им удавалось плохо, так как они явно предпочитали своего нового государственного бога, который хотя в именовался по-египетски Сетом, но был, возможно, только отождествлённым с ним иноземным божеством. Одно из мест почитания Сета находилось как раз на востоке Дельты, где главным образом и обосновались завоеватели. Позже, в Новом царстве, было принято называть сирийских и малоазийских богов «сетами». Иноземное владычество длилось не менее 108 лет. Ещё столетие спустя по изгнании гиксосов (в первой половине XVI в. до н. э.) в стране стояли разорёнными храмы, и вплоть до манефоновских времён жило предание о гиксосском нашествии как о страшном погроме. Но и под иноплеменным игом духовная жизнь не заглохла в стране, и египтяне сумели передать наследие Среднего царства новому периоду. Так, одна из замечательнейших научных рукописей (большой счётный задачник) помечена годом правления одного из царей-гиксосов.
Своей столицей гиксосы сделали Аварис на самом востоке Дельты. Объединить Египет под своею властью они по-настоящему так и не смогли. Над Фивами и соседними областями царствовали египетские пари — захудалые, судя по их бедным памятникам, но как будто всё же самостоятельные. Только два гиксосских царя, Хиан и Апепи, простирали свою власть, может быть, и на юг Египта, так как там были найдены печатки и камни с их именами, последние — примерно в ста километрах южнее Фив. Неизвестно, свергли ли завоеватели южную царскую династию или она продолжала существовать под их главенством. Как бы то ни было, на исходе гнксосского владычества в Фивах существовали пари, которых принято считать XVII династией. XV династию составляли гиксосы. В отношении XVI династии неясно, была ли она гиксосской или фиванской. Сохранившиеся выдержки из Манефона в этом вопросе расходятся.
С XVII династии начинается упорная борьба за изгнание чужеземных завоевателей из Нильской долины, борьба, которая знаменует собой начало новой поры в истории Египта — периода Нового царства.